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La Confederazione inoltre è presente all'interno di molte istituzioni nazionali e dellUnione Europea, con propri consiglieri presso il CNEL e il Comitato Economico e Sociale nonché presso numerosi comitati ministeriali, istituti previdenziali e assistenziali, enti e organismi.
Sul piano internazionale, CONFAPI fa parte dell'UEAPME (Union Européenne de l'Artisanat et des Petites et Moyennes Entreprises) e segue l'attività legislativa delle istituzioni europee con riguardo alle normative che interessano il mondo della piccola e media impresa. 
La base associativa è costituita dalle sessanta strutture provinciali (API) che sono coordinate da 12 Federazioni regionali di secondo grado, cui si aggiungono cinque Federazioni regionali di primo grado alle quali aderiscono direttamente le aziende e 31 delegazioni territoriali nelle singole province.
Le strutture territoriali agiscono in autonomia strutturale, finanziaria ed amministrativa e si dedicano direttamente al rapporto con le Aziende associate offrendo loro consulenza, rappresentanza politica nei confronti di organizzazioni e istituzioni locali, provvedendo alla promozione e costituzione di strutture associative che forniscano servizi alle Imprese.

Fanno parte della struttura organizzativa, inoltre, le Unioni nazionali e le Associazioni di categoria.
All'interno della Confederazione è attivo un Gruppo nazionale Giovani Imprenditori costituito alla fine del 1990, composto da circa quattromila associati di età compresa tra 18 e 40 anni.
Dal 2005 esiste anche un Gruppo Nazionale Donne Imprenditrici, particolarmente attivo sui temi delle pari opportunità.